Som al anden produktion har landbruget en påvirkning af det omgivende miljø. Inden for husdyrproduktionen er det især tabet af næringsstoffer (kvælstof og fosfor) og lugten fra stalde og gylleudbringning der er i fokus.
For at skåne natur og naboer mest muligt, er produktionen reguleret på forskellig vis. Det gælder bl.a. opbevaringen og udbringningen af gylle, produktionens størrelse i forhold til det areal, der er til rådighed til at sprede gyllen på som gødning, afstanden fra stalde og gyllebeholdere til anden bebyggelse og myndighedernes krav til godkendelse af nye produktionsanlæg og udvidelser af eksisterende anlæg.
Danmark har en forholdsvis stor husdyrproduktion i forhold til landets størrelse, sammenlignet med de øvrige lande i EU. I løbet af de seneste 10-15 år er svine- og fjerkræproduktionen steget, mens kvægproduktionen er faldet.
Udviklingen går i retning af færre, men større og mere specialiserede besætninger. Det vil sige med én type husdyrproduktion pr. produktionsanlæg.
Det betyder også, at husdyrene koncentreres på færre men større bedrifter, hvilket ofte giver anledning til bekymring for den lokale miljøpåvirkning, men omvendt er det også typisk de store bedrifter, der kan magte at tage den nyeste og mest miljøvenlige teknologi i brug, da omkostningen pr. produceret enhed bliver mindre med stigende besætningsstørrelse. Desuden er det ofte de store bedrifter, der har bedst management og bedste foderudnyttelse, som også er forudsætninger for at begrænse miljøbelastningen.
Dansk landbrug har gennem en årrække haft fokus på at reducere miljøbelastningen. På baggrund af især den bedre foderudnyttelse, men også andre tiltag, er den totale mængde kvælstof i husdyrgødningen fra dansk landbrug faldet med 14 pct. og fosforindholdet med ni pct. siden 1985.
Den stigende effektivitet i staldene, har reduceret kvælstof- og fosforoverskuddet på markniveau markant (forskellen på den mængde kvælstof og fosfor, der tilføres markerne med gødning og fra atmosfæren, og den mængde, der fjernes fra markerne med de høstede afgrøder).
Kvælstofoverskuddet er således faldet med over fyrre pct. siden 1985. Fosforoverskuddet er faldet endnu mere, nemlig med næsten 60 pct.
Siden 1985 har landbruget formået at firedoble udnyttelsen af kvælstof i husdyrgødningen. Det har resulteret i en halvering af forbruget af kunstgødning. Således er forbruget af kvælstof og fosfor fra kunstgødning faldet med hhv. 47 og 75 pct.